Структура и органы управления образовательной организацией регламентируются Уставом муниципального автономного общеобразовательного учреждения "Гимназия "Новоскул", утвержденным постановлением Администрации Великого Новгорода от 25.09.2015 № 4133 (см.раздел "Документы").
Управление Учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом Учреждения является директор Учреждения. Коллегиальными органами управления Учреждением являются: наблюдательный совет; общее собрание работников Учреждения; педагогический совет; совет родителей; совет обучающихся (Дума гимназии).